Генетическое обследование пациентов с колоректальным раком: редкие мутации и их роль в формировании семейной программы динамического наблюдения

• Исланов Игорь Олегович
• Петренко К.Н.
• Левченко Е.Н.
• Заклязьминская Елена Валерьевна
• Беджанян Аркадий Лаврентьевич

Резюме

По данным Всемирной организации здравоохранения, колоректальный рак (КРР) занимает 3-е место по распространенности, 2-е по смертности среди онкологических заболеваний. Три четверти пациентов с диагностированным КРР имеют спорадическое заболевание без видимых признаков наследственной отягощенности. Мутации в генах, специфически ассоциированных с риском КРР, выявляют примерно у 2-6% пациентов. Однако новообразования кишечника могут также выявляться у носителей "рисковых аллелей" в других онкогенах. Течение заболевания и прогноз эффективности лечения КРР зависят не только от наличия генетической предрасположенности, но и от генетической характеристики опухоли. Для разработки комплексной программы лечения, динамического наблюдения и семейного скрининга необходимо учитывать данные как герминального, так и опухолевого генома. В настоящей работе мы представляем первые результаты пилотного исследования на группе 20 пациентов, оперированных по поводу КРР, которым было выполнено полноэкзомное секвенирование как герминального, так и опухолевого генома. Стратегия динамического наблюдения рассмотрена при примере 2 семей, в которых были выявлены аллели повышенного риска в генах BRCA1, CHEK2 и BRIP1.

Ключевые слова:колоректальный рак; метастатический колоректальный рак; семейные онкосиндромы; КРР; BRCA1/2; BRAF; CHEK2; BRIP1; полноэкзомное секвенирование

По данным Всемирной организации здравоохранения, колоректальный рак (КРР) занимает 3-е место по распространенности, 2-е по смертности среди онкологических заболеваний [1] и 4-е по смертности от всех заболеваний в мире [2]. В 2020 г. было зафиксировано более 1,9 млн новых случаев заболеваемости и свыше 900 тыс. смертей от этого заболевания. К 2040 г. ожидается увеличение этих данных на 65-70%. Несмотря на усилия, направленные на скрининг и раннее выявление КРР, у значительной части пациентов диагностируется поздняя стадия заболевания, которая связана с плохим исходом, поскольку ранние стадии могут протекать бессимптомно.

Три четверти диагностированного КРР - это спорадические случаи без явных признаков наследования, и только у 25% пациентов выполняются критерии онкологической отягощенности родословной. При этом мутации с высокой пенетрантностью в генах, ответственных за семейные формы КРР, выявляются у 2-6% пациентов. В этой группе семейных КРР выделяют неполипозный и полипозный КРР. В группу неполипозных КРР входят синдромы Линча и Линч-подобные, Туркота, Мьюира-Торре, дефицита системы репарации (CMMRD), Ли-Фраумени, семейный наследственный КРР тип X (FCCTX), спорадическая колоректальная карцинома [3, 4]. Основной причиной развития большинства перечисленных синдромов являются патогенные мутации в генах репарации (MLH1, MSH2, MSH6, PMS1, PMS2, EPCAM) и в генах - супрессорах опухолей (POLE, POLD1, NTHL1, APC, MUTYH, TP53) [2-4]. Наследственные полипозные КРР подразделяют на аденоматозные, гамартомные, зубчатые и смешанного типа, имеющие клинические особенности, связанные с генетической причиной заболевания (мутации в генах APC, MUTYH, BMPR1A, SMAD4, NTHL1, AXIN2, STK11, MSH3, PHTS, PTEN, RNF43, GREM1) [2-4]. Несмотря на большое число известных генов, остальные 20-30% семейных случаев КРР остаются без выявленных убедительных генетических причин заболевания [5, 6]. Предположительно они могут быть связаны с мутациями средней и низкой пенетрантности в других генах онкопредрасположенности, не имеющих доминирующей локализации новообразований в толстом кишечнике [7, 8]. За прошедшие десятилетия список генов, ассоциированных с КРР, существенно расширился. Были установлены семейные онкологические риски, связанные с носительством вариантов различной пенетрантности в генах BRCA1, BRCA2, CHEK2, ATM, BLM, GALNT12, PALB2, SDHA, RET, и список генов далеко не исчерпан [4].

Гены системы репарации (MMR) удаляют ошибочные нуклеотиды дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) во время митоза. При недостаточной активности MMR измененные нуклеотиды включаются в клетки, что увеличивает риск формирования неопластической гипермутированной структуры, а это, в свою очередь, приводит к микросателлитной нестабильности [9]. Недостаточная активность MMR обнаруживается примерно в 15% случаев КРР, из которых 3% приходится на синдром Линча [10, 11]. Хотя микросателлитная нестабильность (MSI) является движущей силой образования и пролиферации опухолей при КРР, недавние исследования продемонстрировали ее значимость для потенциальных новых терапевтических агентов в этой группе КРР [12]. Опухоли, экспрессирующие MSI, характеризуются интенсивной иммунной инфильтрацией, вероятно, связанной с высокой плотностью мутаций, создающих многочисленные неоантигены и мишени для иммунной терапии.

В 2015 г. была предложена консенсусная молекулярная систематизация типов КРР (CMS CRC) на основании их отличительных особенностей [13]. В 2022 г. A.M. Khaliq и соавт. провели сравнительный анализ образцов опухолей и установили наличие внутриопухолевой гетерогенности CMS, определили клеточную и молекулярную онтологию рак-ассоциированных фибробластов (CAF), что потенциально может способствовать развитию новых таргетных препаратов, однако пока убедительных доказательств клинической значимости субтипирования опухолей недостаточно [14].

Спектр соматических генных мутаций, происходящих в опухоли, в настоящее время имеет большое значение в персонализации противоопухолевой терапии. Наиболее частые и клинически значимые соматические мутации в опухолях при КРР возникают в генах сигнального RAS-каскада, который кодирует связывающий белок GTP в сигнальном пути RAS/RAF/MAPK. Активирующие мутации экзона 2 гена KRAS встречаются до 45% всех опухолей и участвуют в инициации, пролиферации и прогрессировании КРР [15-19]. Мутация BRAF р.V600E возникает в 5% метастатического колоректального рака [20, 21] и часто связана с более агрессивным фенотипом заболевания. Эти пациенты, как правило, плохо реагируют на традиционную химиотерапию и имеют худшие непосредственные и отдаленные результаты лечения [22-26]. Ген HER-2 или HER-2/neu является частью семейства рецепторов эпидермального фактора роста, который был идентифицирован как онкоген при ряде злокачественных новообразований, включая КРР, и его сверхэкспрессия является неблагоприятным прогностическим маркером. Исследования, оценивающие сверхэкспрессию HER-2 при КРР, выявили соматические мутации и амплификацию HER-2 у 7% пациентов с КРР [27].

Улучшение выживаемости при КРР может быть достигнуто путем внедрения в стандарты диагностики и лечения генетического типирования и субтипирования опухолей (мутации в KRAS, BRAF, NRAS, экспрессия HER-2/neu, микросателлитная нестабильность, другие молекулярные маркеры), а также расширения раннего скрининга КРР, в том числе в семьях с наследственными онкосиндромами [28]. Другими словами, оптимальная программа динамического наблюдения должна учитывать генетические характеристики пациента (герминальный геном) и опухоли (соматический геном).

В настоящее время большое число исследований посвящено новому перспективному биомаркеру - циркулирующей опухолевой ДНК (цоДНК). Это сильно фрагментированные последовательности опухолевой ДНК, которые попадают в кровоток вследствие апоптоза, некроза опухолевой ткани или активного выделения в межклеточное пространство. У здорового человека в плазме крови обнаруживается уровень цоДНК в пределах 5-10 нг/мкл, в то время как при наличии опухоли концентрация цоДНК может вырасти до 50 раз. Выявление цоДНК у пациентов после хирургической резекции опухоли может рассматриваться как малоинвазивный маркер метастатического процесса при основных видах рака (рак груди, яичников и КРР) [29]. Несколько исследований продемонстрировали потенциал использования цоДНК как неинвазивного метода для определения наличия неоплазии [30, 31].

В данной работе мы представляем итоги пилотного исследования, направленного на комплексный анализ герминального и опухолевого геномов, и результаты разработки системы детекции циркулирующей опухолевой ДНК как маркера метастатических осложнений в послеоперационном периоде, с основным вниманием к герминальным находкам.

Материал и методы

В исследование вошли 20 пациентов с КРР различных локализаций и стадий, которым было проведено хирургическое лечение (резекция опухоли). Пациентам было выполнено расширенное генетическое тестирование герминального и опухолевого генетического материала, а также была забрана плазма крови в срок от 6 до 12 мес от удаления первичной опухоли.

Забор биологического материала у пациентов

У пациентов собирали венозную кровь в специализированные пробирки Cell-Free DNA BCT® (Roche, USA) с последующим двухстадийным выделением ядросодержащих клеток (лейкоцитов) и отбором плазмы, которая до выделения ДНК сохранялась при температуре -80 °C. Образцы опухолевой ткани брали из удаленного и отправленного на гистологическое исследование операционного материала (опухоли толстой кишки). Гистологически подтвержденную опухолевую ткань фиксировали в формалине и заливали парафином в гистологические кассеты.

Выделение тотальной ДНК

Тотальную геномную ДНК выделяли из лейкоцитов венозной крови; циркулирующую ДНК выделяли из отобранной и замороженной плазмы, c использованием набора реагентов QIAamp® DNA Mini and Blood Mini Kit (QIAGEN, USA) в соответствии с руководством пользователя. Из срезов (обработанные формалином парафиновые блоки) тотальную ДНК выделяли c использованием набора реагентов ExtractDNA FFPE ("Евроген", Россия) в соответствии с руководством пользователя. Концентрация ДНК, выделенной из крови и срезов, была измерена при помощи набора Quant-iTTM dsDNA HS Assay Kit на приборе Qubit® fluorometer (Invitrogen^TM). Таким образом, от 1 пациента было получено 3 образца ДНК: из лейкоцитов венозной крови (герминальный геном), из ткани опухоли (опухолевый геном), из плазмы (циркулирующая ДНК, цДНК).

Полноэкзомное секвенирование

Библиотеки для экзомного секвенирования получали с использованием коммерческого набора KAPA HyperPrep Kit (Roche, США) в соответствии с руководством пользователя. Геномную ДНК подвергали фрагментации на приборе Covaris S 220 (Thermo Fisher Scientific, США), после чего к концам полученных фрагментов были лигированы специфические адаптеры KAPA Dual-Indexed Adapters (Roche, США). Полученные фрагменты были амплифицированы с помощью праймеров, специфичных к адаптерам. Гибридизацию библиотек с биотинилированными зондами к таргетным регионам проводили с использованием коммерческого набора KAPA HyberExome Kit (Roche, США) в соответствии с руководством пользователя. Определение конечной концентрации и валидацию приготовленной библиотеки проводили на флуориметре Qubit® (Life Technologies, США) с использованием коммерческого набора Qubit™ dsDNA HS Assay Kit и биоанализаторе 2100 (Agilent Technologies, США). Секвенирование библиотек проводили с применением S2 проточной ячейки на системе Novaseq 6000 (Illumina, США). Биоинформатическая обработка данных секвенирования проходила в 5 этапов на основе конвейера взаимосвязанных программных пакетов. На 1-м этапе проводили анализ качества (Quality Control) прочтений формата fastq для валидизации результатов. На 2-м этапе проведена предварительная обработка данных: фильтрация по качеству и обрезка адаптерных последовательностей. На 3-м этапе обработанные прочтения выравнивали на референтный геном полноразмерных fastq-файлов с последующей оценкой качества выравнивания. На 4-м этапе проведена идентификация однонуклеотидных полиморфизмов и небольших инверсий/делеций с использованием нескольких различных программных пакетов. На заключительном этапе проведен поиск клинически значимых вариантов в 154 генах, ответственных за наследственную предрасположенность к онкологическим заболеваниям. Оценка патогенности выявленных генетических вариантов проводилась согласно рекомендациям Российского общества медицинских генетиков (РОМГ, 2018) [32], Американского колледжа медицинской генетики (ACMG, 2015) [33] и Ассоциации молекулярной патологии (AMP, 2017) [34].

Результаты и обсуждение

По результатам секвенирования герминального генетического материала у 20 пробандов были выявлены 89 редких вариантов в генах, ответственных за предрасположенность к семейным онкосиндромам, подавляющее большинство из которых имели III класс патогенности (варианты с неустановленным клиническим значением, ВУС). Ни одной очевидной патогенной мутации не было выявлено в генах, ассоциированных с семейным полипозным и неполипозным КРР. Только у 2 из 20 пробандов, оперированных по поводу КРР, были выявлены известные гетерозиготные варианты, значимо ассоциированные с наследственными онкосиндромами преимущественно репродуктивной системы: c.5266dup в гене BRCA1 (мутация, класс V патогенности) и c.1053G>T (p.Glu351Asp) в гене CHEK2 совместно с вариантом c.2830C>G (p.Gln944Glu) BRIP1 (факторы риска с ограниченной пенетрантностью).

В обеих семьях пациентов наблюдались онкологические заболевания среди родственников, локализация опухолей была различной, оба пробанда были первыми членами семьи с диагностированным КРР (рисунок А, Б). У обоих пробандов были также диагностированы клинически значимые соматические опухолевые мутации.

По результатам секвенирования ДНК опухоли в опухолевых образцах всех 20 пробандов были выявлены соматические мутации. Биоинформатический анализ полученных данных показал, что у 14 больных (70%) в опухоли присутствуют 37 клинически релевантных соматических вариантов из числа тех мутаций, для определения которых существуют зарегистрированные диагностические наборы. Набор соматических изменений в ДНК опухоли является специфичным для конкретного пациента. На материалах даже пилотной группы из 20 пациентов нам не удалось выделить мутацию или комбинацию мутаций, которая могла бы лечь в основу универсальной высокоэффективной и экономичной диагностической системы для тестирования опухолевой цоДНК в плазме.

Всем пациентам было проведено выделение цоДНК из плазмы крови. Для тех из них, у кого были выявлены соматические варианты в генах CHEK2, KRAS, BRAF, NRAS, и был проведен первый этап детекции вариантов путем прямого секвенирования по Сенгеру. Во всех случаях получены отрицательные результаты, однако такой результат был ожидаемым, так как детекция соматических вариантов методом секвенирования по Сенгеру возможна, если доля мутантного клона составляет не менее 25%. Вторым этапом в настоящее время проводится дизайн пациент-специфических зондов для детекции соматических вариантов в цоДНК методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (Real-time ПЦР).

Клиническое наблюдение

По нашему мнению, клиническое наблюдение семьи ОО283 (см. рисунок А) представляет особый интерес и сложность для динамического наблюдения и медико-генетического консультирования, так как не только у пробанда, но и у других членов семьи наблюдается высокая концентрация генетических факторов риска.

У пробанда ОО283 было заподозрено новообразование правой половины ободочной кишки в возрасте 46 лет в результате обследования по поводу спастических болей в правом подреберье. Данные ультразвукового исследования (УЗИ) органов брюшной полости были подтверждены при колоноскопии, подтверждено и наличие плотного, не смещаемого новообразования, занимающего 3/4 просвета в восходящем отделе ободочной кишки. При компьютерной томографии (КТ) органов грудной клетки и брюшной полости данных за отдаленное метастазирование не было выявлено. В параколической клетчатке выявлены увеличенные до 20 мм лимфоузлы. Таким образом, диагноз сформулирован следующим образом: "рак восходящего отдела толстой кишки сT3N1M0".

Пациенту была выполнена лапароскопическая правосторонняя гемиколэктомия с D3-лимфодиссекцией. При гистологическом исследовании биоптата была установлена умеренно дифференцированная аденокарцинома толстой кишки с прорастанием баугиниевой заслонки с метастазом в лимфатический узел брыжейки (pT3N1). При молекулярно-генетическом исследовании герминального генома у пациента была выявлена мутация c.5266dup в гене BRCA1 (класс V патогенности) в гетерозиготном состоянии, а в ткани опухоли - клинически значимая мутация р.V600E в гене BRAF. Мутаций в генах KRAS, NRAS, HER-2neu, а также микросателлитной нестабильности в ткани опухоли выявлено не было.

В послеоперационном периоде пациент прошел 8 курсов полихимиотерапии (ПХТ) по схеме XELOX. При контрольной КТ органов брюшной полости, выполненной через 6 мес после правосторонней гемиколэктомии с D3-лимфодиссекцией, было отмечено увеличение размеров и количества забрюшинных лимфатических узлов, увеличение размеров лимфатических узлов общей и наружной подвздошной групп. Отмечен рост раково-эмбрионального антигена (РЭА) до 6,8 нг/мл. При позитронно-эмиссионной томографии (ПЭТ) было выявлено увеличение множественных подвздошных, ретрокруральных, парааортальных, межаортокавальных лимфоузлов, а также зона вазогенного отека в правой теменной доле головного мозга. При магнитно-резонансной томографии (МРТ) головного мозга выявлены 2 очага (в правой теменной доле очаг до 2,5 см с периферическим отеком и очаг до 0,8 см в левой лобной доле).

В НМИЦ нейрохирургии им. Н.Н. Бурденко пациенту было проведено радиохирургическое лечение объемных образований в головном мозге, с выполнением планового гистологического исследования (морфологическая картина соответствовала метастазу аденокарциномы). В настоящее время пациент получает ПХТ по схеме FOLFIRI + бевацизумаб.

У пробанда ОО283 было выявлено сочетание неблагоприятных прогностических факторов со стороны как герминального, так и опухолевого генома. Возможно, этим объясняется метастатическое поражение головного мозга после 8 курсов ПХТ по схеме XELOX, и прогноз в настоящее время остается очень серьезным.

Параллельно с ПХТ пробанд ОО283 обратился за медико-генетическим консультированием для проспективной оценки онкологических рисков у 2 здоровых дочерей, 10 и 14 лет. В процессе детального сбора семейного анамнеза выяснилось, что критерии онкологической отягощенности родословной выполняются не только со стороны пробанда, но и со стороны его супруги, которая в настоящее время проходит курс лечения после унилатеральной мастэктомии по поводу рака молочной железы Наличие онкологической отягощенности со стороны супруги может скорректировать оценки риска и возраст начала онкологического скрининга для детей, поэтому изолированное тестирование носительства мутации c.5266dup в гене BRCA1 представляется недостаточным. С целью поиска мутаций в генах, ответственных за наследственные онкосиндромы, супруге пробанда также было рекомендовано генетическое тестирование таргетной панели генов.

У пациента ОО283, носителя герминальной мутации c.5266dup в BRCA1, была выявлена соматическая мутация р.V600E в гене BRAF. Эта мутация выявляется в опухолях у 12% пациентов с метастатическим КРР, и почти 30% из них имеют микросателлитную нестабильность [35]. M.R. Guerrero и соавт. провели кропотливую работу по изучению молекулярных механизмов проявлений этой мутации и анализу существующих подходов к лечению [36]. Из результатов следует, что пациенты с метастатическим КРР и мутацией р.V600E имеют хуже прогноз и низкую выживаемость. Иммунотерапевтические подходы по ингибированию BRAF и EGFR в комбинации с химиотерапией с ангиогенными ингибиторами позволили увеличить показатель выживаемости [36]. Преклиническое испытание нового подхода с ингибированием сигнального пути MAPK улучшило иммунный ответ в КРР с р.V600E [37]. Принципиальным новым методом лечения опухолей может стать ингибирование изоформы белка пролиферирующего ядерного антигена - caPCNA, преимущественно встречающегося в раковых клетках [38]. В августе 2023 г. начались первые клинические испытания нового препарата AOH1996 на замену раннему AOH1160, что в перспективе позволит лечить несколько разных видов рака без вреда для здоровых клеток [38, 39].

Гены BRCA1/2 относят к группе генов репарации ДНК (DRGs). Мутации в этих генах занимают особое положение при оценке рисков развития новообразований. Часто описанные онкологические заболевания для мутаций в этих генах включают рак груди, яичников и простаты. Значительно реже описаны рак поджелудочной железы и КРР [40]. Ранние исследования, в которых пытались оценить заболеваемость колоректальным раком у носителей мутаций в генах BRCA1/2, дали противоречивые результаты, и эти гены ранее, как правило, не включали в таргетные панели, направленные на диагностику наследственной предрасположенности к КРР. Однако в 2018 г. был опубликован метаанализ 949 публикаций, в результате которого было показано, что носительницы мутаций в BRCA1 имеют существенно повышенный риск развития КРР [отношение шансов (Odds Ratio) равно 1,49] [41, 42]. Однако вклад мутаций в гене BRCA1, в особенности при возникновении и развитии рака у мужчин, остается недостаточно изучен [43].

За прошедшие несколько лет была выявлена связь между мутациями в BRCA1/2 и риском развития КРР [44, 45]. Последние исследования показали, что мутации в этих генах чаще встречаются у пациентов с ранним выявлением опухолей желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) в возрасте 39-49 лет, при этом мутации в гене BRCA1 чаще ассоциированы с КРР, а мутации в гене BRCA2 - с опухолями желудка и пищевода [29]. Однако специфические рекомендации по профилактике опухолей ЖКТ у носителей мутаций в генах BRCA1/2 в настоящее время отсутствуют. Наличие герминальных патогенных мутаций в генах BRCA1/2 может также влиять на выбор противоопухолевой терапии. Генетические изменения в генах BRCA1/2 приводят к нарушению репарации ДНК по механизму дефицита гомологичной рекомбинации (HRD). Соединения платины и ингибиторы поли(АДФ-рибоза)-полимеразы (PARPi) в настоящее время являются двумя основными классами лекарств, активных против раковых клеток, несущих изменения HRD. Препараты PARPi в настоящее время уже одобрены для лечения носителей BRCA1/2 мутаций с раком молочной железы, простаты, поджелудочной железы, но их эффективность у пациентов с КРР еще изучается [46].

Заключение

Системный подход к лечению и динамическому наблюдению складывается из детального анализа историй жизни и болезни отдельных пациентов, их семейного анамнеза, герминальных и соматических мутаций, эффективности лечения. В рамках пилотного исследования 20 пробандов мы выявили два семейных случая КРР у носителей мутаций в генах BRCA1 и CHEK2. Эти гены целенаправленно тестируются в контексте наследственных опухолей репродуктивной системы, но мы считаем целесообразным включение этих генов в таргетные панели, ориентированные на выявление предрасположенности к опухолям ЖКТ. Набор соматических изменений в ДНК опухоли является специфичным для конкретного пациента, и нам не удалось выделить набор биомаркеров для универсальной высокоэффективной и экономичной диагностической системы для тестирования опухолевой цДНК в плазме. Технически набор специфичных зондов может быть разработан для каждого пациента по результатам сравнения герминального и соматического экзомов, но вопрос экономической и времязатратной эффективности такой диагностической системы требует отдельного изучения.

Литература

1.     Колоректальный рак [Электронный ресурс]. Всемирная организация здравоохранения, 2023. URL: https://www.who.int/ru/news-room/fact-sheets/detail/colorectal-cancer  (дата обращения: 06.10.2023).

2.     Medina Pabón M.A., Babiker H.M. A review of hereditary colorectal cancers [Updated 2022 Sep 26] // StatPearls [Electronic resource]. Treasure Island, FL : StatPearls Publishing, 2023. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK538195/  (date of access October 06, 2023).

3.     Kanth P., Grimmett J., Champine M., Burt R., Samadder N.J. Hereditary colorectal polyposis and cancer syndromes: a primer on diagnosis and management // Am. J. Gastroenterol. 2017. Vol. 112, N 10. P. 1509-1525. DOI: https://doi.org/10.1038/ajg.2017.212

4.     Ojha S.K., Laslett N. Hereditary nonpolyposis colon cancer [Updated 2023 Jul 16] // StatPearls [Electronic resources]. Treasure Island, FL : StatPearls Publishing, 2023. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK564511/

5.     Rebuzzi F., Ulivi P., Tedaldi G. Genetic predisposition to colorectal cancer: how many and which genes to test? // Int. J. Mol. Sci. 2023. Vol. 24, N 3. P. 2137. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms24032137

6.     Valle L. Genetic predisposition to colorectal cancer: where we stand and future perspectives // World J. Gastroenterol. 2014. Vol. 20, N 29. P. 9828-9849. DOI: https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i29.9828

7.     Jasperson K.W., Tuohy T.M., Neklason D.W., Burt R.W. Hereditary and familial colon cancer // Gastroenterology. 2010. Vol. 138, N 6. P. 2044-2058. DOI: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2010.01.054

8.     Wei C., Peng B., Han Y. et al. Mutations of HNRNPA0 and WIF1 predispose members of a large family to multiple cancers // Fam. Cancer. 2015. Vol. 14, N 2. P. 297-306. DOI: https://doi.org/10.1007/s10689-014-9758-8

9.     Gysin S., Salt M., Young A., McCormick F. Therapeutic strategies for targeting ras proteins // Genes Cancer. 2011. Vol. 2, N 3. P. 359-372. DOI: https://doi.org/10.1177/1947601911412376

10. Hampel H., Frankel W.L., Martin E. et al. Screening for the Lynch syndrome (hereditary nonpolyposis colorectal cancer) // N. Engl. J. Med. 2005. Vol. 352, N 18. P. 1851-1860. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa043146

11. Ligtenberg M.J., Kuiper R.P., Chan T.L. et al. Heritable somatic methylation and inactivation of MSH2 in families with Lynch syndrome due to deletion of the 3' exons of TACSTD1 // Nat. Genet. 2009. Vol. 41, N 1. P. 112-117. DOI: https://doi.org/10.1038/ng.283

12. Cohen R., Pudlarz T., Delattre J.F., Colle R., André T. Molecular targets for the treatment of metastatic colorectal cancer // Cancers (Basel). 2020. Vol. 12, N 9. P. 2350. DOI: https://doi.org/10.3390/cancers12092350

13. Guinney J., Dienstmann R., Wang X. et al. The consensus molecular subtypes of colorectal cancer // Nat. Med. 2015. Vol. 21, N 11. P. 1350-1356. DOI: https://doi.org/10.1038/nm.3967  

14. Khaliq A.M., Erdogan C., Kurt Z. et al. Refining colorectal cancer classification and clinical stratification through a single-cell atlas // Genome Biol. 2022. Vol. 23, N 1. P. 113. DOI: https://doi.org/10.1186/s13059-022-02677-z

15. Douillard J.Y., Oliner K.S., Siena S. et al. Panitumumab-FOLFOX4 treatment and RAS mutations in colorectal cancer // N. Engl. J. Med. 2013. Vol. 369, N 11. P. 1023-1034. DOI: https://doi.org/10.1056/NEJMoa1305275

16. Van Cutsem E., Köhne C.H., Láng I. et al. Cetuximab plus irinotecan, fluorouracil, and leucovorin as first-line treatment for metastatic colorectal cancer: updated analysis of overall survival according to tumor KRAS and BRAF mutation status // J. Clin. Oncol. 2011. Vol. 29, N 15. P. 2011-2019. DOI: https://doi.org/10.1200/JCO.2010.33.5091

17. Peeters M., Price T.J., Cervantes A. et al. Randomized phase III study of panitumumab with fluorouracil, leucovorin, and irinotecan (FOLFIRI) compared with FOLFIRI alone as second-line treatment in patients with metastatic colorectal cancer // J. Clin. Oncol. 2010. Vol. 28, N 31. P. 4706-4713. DOI: https://doi.org/10.1200/JCO.2009.27.6055

18. Maughan T.S., Adams R.A., Smith C.G. et al. Addition of cetuximab to oxaliplatin-based first-line combination chemotherapy for treatment of advanced colorectal cancer: results of the randomised phase 3 MRC COIN trial // Lancet. 2011. Vol. 377, N 9783. P. 2103-2114. DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(11)60613-2

19. Tveit K.M., Guren T., Glimelius B. et al. Phase III trial of cetuximab with continuous or intermittent fluorouracil, leucovorin, and oxaliplatin (Nordic FLOX) versus FLOX alone in first-line treatment of metastatic colorectal cancer: the NORDIC-VII study // J. Clin. Oncol. 2012. Vol. 30, N 15. P. 1755-1762. DOI: https://doi.org/10.1200/JCO.2011.38.0915

20. Davies H., Bignell G.R., Cox C. et al. Mutations of the BRAF gene in human cancer // Nature. 2002. Vol. 417, N 6892. P. 949-954. DOI: https://doi.org/10.1038/nature00766

21. Tie J., Gibbs P., Lipton L. et al. Optimizing targeted therapeutic development: analysis of a colorectal cancer patient population with the BRAF(V600E) mutation // Int. J. Cancer. 2011. Vol. 128, N 9. P. 2075-2084. DOI: https://doi.org/10.1002/ijc.25555

22. Samowitz W.S., Sweeney C., Herrick J. et al. Poor survival associated with the BRAF V600E mutation in microsatellite-stable colon cancers // Cancer Res. 2005. Vol. 65, N 14. P. 6063-6069. DOI: https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-05-0404

23. Yokota T., Ura T., Shibata N. et al. BRAF mutation is a powerful prognostic factor in advanced and recurrent colorectal cancer // Br. J. Cancer. 2011. Vol. 104, N 5. P. 856-862. DOI: https://doi.org/10.1038/bjc.2011.19

24. Price T.J., Hardingham J.E., Lee C.K. et al. Impact of KRAS and BRAF gene mutation status on outcomes from the phase III AGITG MAX trial of capecitabine alone or in combination with bevacizumab and mitomycin in advanced colorectal cancer // J. Clin. Oncol. 2011. Vol. 29, N 19. P. 2675-2682. DOI: https://doi.org/10.1200/JCO.2010.34.5520

25. Morris V., Overman M.J., Jiang Z.Q. et al. Progression-free survival remains poor over sequential lines of systemic therapy in patients with BRAF-mutated colorectal cancer // Clin. Colorectal Cancer. 2014. Vol. 13, N 3. P. 164-171. DOI: https://doi.org/10.1016/j.clcc.2014.06.001

26. Tran B., Kopetz S., Tie J. et al. Impact of BRAF mutation and microsatellite instability on the pattern of metastatic spread and prognosis in metastatic colorectal cancer // Cancer. 2011. Vol. 117, N 20. P. 4623-4632. DOI: https://doi.org/10.1002/cncr.26086

27. Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer // Nature. 2012. Vol. 487, N 7407. P. 330-337. Epub 2012 Jul 18. DOI: https://doi.org/10.1038/nature11252

28. Benson A.B., Venook A.P., Al-Hawary M.M. et al. Colon cancer, version 2.2021, NCCN clinical practice guidelines in oncology // J. Natl Compr. Canc. Netw. 2021. Vol. 19, N 3. P. 329-359. DOI: https://doi.org/10.6004/jnccn.2021.0012   

29. Maccaroni E., Giampieri R., Lenci E., Scortichini L., Bianchi F., Belvederesi L. et al. BRCA mutations and gastrointestinal cancers: when to expect the unexpected? // World J. Clin. Oncol. 2021. Vol. 12, N 7. P. 565-580. DOI: https://doi.org/10.5306/wjco.v12.i7.565    

30. Wan N., Weinberg D., Liu T.Y. et al. Machine learning enables detection of early-stage colorectal cancer by whole-genome sequencing of plasma cell-free DNA // BMC Cancer. 2019. Vol. 19, N 1. P. 832. DOI: https://doi.org/10.1186/s12885-019-6003-8

31. Kim S.-T., Raymond V.M., Park J.O., Zotenko E., Park Y.S., Schultz M. et al. Combined genomic and epigenomic assessment of cell-free circulating tumor DNA (ctDNA) improves assay sensitivity in early-stage colorectal cancer (CRC) // Cancer Res. 2019. Vol. 79. Abstr. 916. DOI: https://doi.org/10.1158/1538-7445.AM2019-916

32. Рыжкова О.П., Кардымон О.Л., Прохорчук Е.Б., Коновалов Ф.А., Масленников А.Б., Степанов В.А. и др. Руководство по интерпретации данных последовательности ДНК человека, полученных методами массового параллельного секвенирования (MPS) (редакция 2018, версия 2) // Медицинская генетика. 2019. Т. 18, № 2. С. 3-23. DOI: https://doi.org/10.25557/2073-7998.2019.02.3-23

33. Richards S., Aziz N., Bale S., Bick D., Das S., Gastier Foster J. et al.; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology // Genet. Med. 2015. Vol. 17, N 5. P. 405-424. DOI: https://doi.org/10.1038/gim.2015.30

34. Li M.M., Datto M., Duncavage E.J. et al. Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer: a joint consensus recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists // J. Mol. Diagn. 2017. Vol. 19, N 1. P. 4-23. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2016.10.002

35. Tabernero J., Ros J., Élez E. The evolving treatment landscape in BRAF-V600E-mutated metastatic colorectal cancer // Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 2022. Vol. 42. P. 1-10. DOI: https://doi.org/10.1200/EDBK_349561

36. Guerrero R.M., Labajos V.A., Ballena S.L. et al. Targeting BRAF V600E in metastatic colorectal cancer: where are we today? // Ecancermedicalscience. 2022. Vol. 16. P. 1489. DOI: https://doi.org/10.3332/ecancer.2022.1489

37. Tian J., Chen J.H., Chao S.X. et al. Combined PD-1, BRAF and MEK inhibition in BRAFV600E colorectal cancer: a phase 2 trial // Nat. Med. 2023. Vol. 29. P. 458-466. DOI: https://doi.org/10.1038/s41591-022-02181-8

38. Gu L., Li M., Li C.M. et al. Small molecule targeting of transcription-replication conflict for selective chemotherapy // Cell Chem. Biol. 2023. Vol. 30, N 10. P. 1235-1247.e6. DOI: https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2023.07.001

39. Gu L., Lingeman R., Yakushijin F. et al. The anticancer activity of a first-in-class small-molecule targeting PCNA // Clin. Cancer Res. 2018. Vol. 24, N 23. P. 6053-6065. DOI: https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-18-0592

40. BRCA Gene Mutations: Cancer Risk and Genetic Testing [Electronic resource]. National Cancer Institute. URL: https://www.cancer.gov/about-cancer/causes-prevention/genetics/brca-fact-sheet  (date of access October 09, 2023).

41. Oh M., McBride A., Yun S., Bhattacharjee S., Slack M., Martin J.R. et al. BRCA1 and BRCA2 gene mutations and colorectal cancer risk: systematic review and meta-analysis // J. Natl Cancer Inst. 2018. Vol. 110, N 11. P. 1178-1189. DOI: https://doi.org/10.1093/jnci/djy148

42. Li S., Silvestri V., Leslie G. et al. Cancer risks associated with BRCA1 and BRCA2 pathogenic variants // J. Clin. Oncol. 2022. Vol. 40, N 14. P. 1529-1541. DOI: https://doi.org/10.1200/JCO.21.02112

43. Ibrahim M., Yadav S., Ogunleye F., Zakalik D. Male BRCA mutation carriers: clinical characteristics and cancer spectrum // BMC Cancer. 2018. Vol. 18, N 1. P. 179. DOI: https://doi.org/10.1186/s12885-018-4098-y

44. AlDubayan S.H., Giannakis M., Moore N.D. et al. Inherited DNA-repair defects in colorectal cancer // Am. J. Hum. Genet. 2018. Vol. 102, N 3. P. 401-414. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2018.01.018

45. Lv M.Y., Wang W., Zhong M.E. et al. DNA repair-related gene signature in predicting prognosis of colorectal cancer patients // Front. Genet. 2022. Vol. 13. Article ID 872238. DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2022.872238

46. Pham M.M., Hinchcliff E., Avila M., Westin S.N. The clinical challenges, trials, and errors of combatting poly (ADP-Ribose) polymerase inhibitors resistance // Cancer J. 2021. Vol. 27, N 6. P. 491-500. DOI: https://doi.org/10.1097/PPO.0000000000000562